La chiesa rupestre di Santa Margherita situata nel territorio di Melfi, venne edificata nel 1200, e riportata alla luce da Gian Battista Guarini.
L’edificio scavato nel tufo vulcanico, è diviso internamente in tre navate, di cui quella centrale presenta una copertura a crociera a sesto acuto, mentre quelle laterali sono coperte da volte a botte.
Da ammirare i numerosi affreschi ivi custoditi, tra cui ricordiamo una rappresentazione di Federico II che si imbatte in tre scheletri, diffuso schema di memento mori.