La chiesa e il convento di Santa Sofia fanno parte dell'omonimo complesso monumentale situato in piazza Giacomo Matteotti.
I lavori di costruzione della chiesa di Santa Sofia vennero iniziati in epoca longobarda e portati a termine nel 767 sotto Arechi II, al quale si deve anche la realizzazione dell’annesso monastero femminile al cui interno vi conservò le reliquie di San Mercurio.
Al 1119 risalgono i primi lavori di rinnovamento eseguiti su commissione dell'abate Giovanni IV, in occasione dei quali venne eretto un campanile romanico, e realizzato un protiro a quattro colonne prospiciente la porta d'ingresso.
I terremoti del 1688 e del 1702 provocarono ingenti danni al complesso monumentale, ma nel 1705 si procedette subito al restauro commissionato dal cardinale Orsini; durante i lavori la pianta della chiesa da stellare venne trasformata in circolare, nonché vennero aggiunte due cappelle laterali, e trasformato l'aspetto dell'abside e della facciata.
La chiesa a pianta centrale accoglie sei colonne disposte ai vertici di un esagono e collegate da archi sui quali svetta la cupola.
L'esagono interno è a sua volta delimitato da un anello decagonale composto da con otto pilastri e due colonne ai fianchi dell'entrata.
La facciata della chiesa accoglie un portale romanico con lunetta decorata da un bassorilievo risalente al XIII secolo, che raffigura Cristo in trono tra la Vergine, san Mercurio e Gregorio Abbot inginocchiato.
L’attiguo monastero deve il suo attuale aspetto ai lavori di ricostruzione eseguiti tra il 1142 e il 1176 ad opera dell'abate Giovanni IV.
Da ammirare il chiostro a pianta quadrangolare, caratterizzato da quindici quadrifore ed una trifora.
I passaggi del chiostro sono decorate da quarantasette colonne con capitelli e pulvini scolpiti con raffigurazioni di fogliame, allegorie, figure umane e di animale.
Gli archi dei passaggi sono a sesto ribassato, e sono sopraelevati da una terrazza su cui si aprono le stanze dell'ex monastero, che oggi ospita la sede del Museo del Sannio.
La facciata della chiesa è affiancata da campanile eretto tra il 1038 e il 1056 da Gregorio II, ma deve il suo attuale aspetto ai lavori di ricostruzione eseguiti nel 1703.
Da ammirare gli stemmi delle pareti, e le tavole marmoree che rievocano l'estensione del Sannio antico e del Ducato di Benevento.