La cripta di Sant’Emidio situata in corrispondenza della navata centrale dell’omonimo Duomo è accessibile dall’interno della chiesa stessa tramite una scala collocata in fondo alla navata laterale sinistra.
La realizzazione della cripta risale all’XI secolo e fu voluta dal vescovo Bernardo II per custodire le reliquie di Sant'Emidio.
Al 1704 risalgono le modifiche apportate da Giuseppe Giosafatti al fine di portare la sua forma da semicircolare a quadrangolare, per rialzare il soffitto e aggiungervi ventotto colonne di marmo rosso di Verona e un gruppo marmoreo.
La cripta è internamente divisa in sette navate di piccole dimensioni impreziosita da sessantatre colonne di travertino e di marmo.
Al 1700 risalgono le decorazioni delle lunette delle volte ad opera di D. Tommaso Nardini.
All’interno della cripta è conservato un sarcofago romano risalente del IV secolo dove sono custoditi i resti di Sant'Emidio.