La chiesa monumentale di San Francesco situata nel cuore del centro storico di Alghero, venne costruita tra il 1480 ed il 1598 ad opera dei Frati Minori Cappuccini, ma la struttura architettonica che noi tutti oggi possiamo ammirare è il risultato dei lavori di rifacimento eseguiti tra il 1593 e il 1598 a seguito del crollo del corpo centrale e di una serie di cappelle.
Emblema dell’architettura gotico-catalana in Sardegna, l’edificio religioso sorge accanto all’antico convento francescano di cui si conserva il meraviglioso chiostro in stile gotico – catalano, a pianta rettangolare contraddistinto da due ordini di arcate a tutto sesto, sorrette da colonne e pilastri ottagonali, di cui quello superiore risale al XVIII secolo mentre quello inferiore si colloca intono al Quattrocento.
Coevo al precedente è il campanile a base quadrata con corpo centrale di forma ottagonale, e guglia alla sommità, caratterizzato dalla presenza lungo il basamento di una cappella quadrata decorata da capitelli scolpiti, con volta ombrelliforme costolonata, dal cui centro pende una gemma in terracotta entro cui è raffigurato san Francesco nell'atto di ricevere le stimmate.
Il prospetto principale in pietra arenaria, come del resto l’intera costruzione, accoglie il portale con architrave decorato dallo stemma dei Francescani accerchiato da Angeli recanti gli strumenti della Passione, e nel nucleo centrale un rosone a dodici raggi raccordati da archetti a sesto acuto, sormontato da un oculo cieco.
L’interno della chiesa è scandito da tre navate, di cui quelle laterali, coperte da volte a crociera, accolgono cinque cappelle ciascuna, separate da archi a tutto sesto sorretti da pilastri cruciformi, e da un abside poligonale, unita alla navata centrale voltata a botte tramite un arco a sesto acuto su pilastri a fascio.
Tra le dieci cappelle, tutte impreziosite da opere artistiche di ogni genere e pregevoli altari in stile barocco realizzati nel XVIII secolo, oltre agli archi che le precedono, ricordiamo la seconda cappella alla sinistra del presbiterio sormontata da una volta stellare, ed introdotta ad un arco decorato da una teoria di piccole sfere, nonché la cappella del Santissimo Sacramento alla destra dello stesso, accessibile da un arco ribassato con estradosso decorato da gigli scolpiti.
Dell’antica chiesa tardogotica si conserva tutt’ora il presbiterio a pianta quadrata, coperto da una splendida volta stellata costolonata da cui partono le nervature della volta dell'abside a pianta semiesagonale.
Peculiare l'altare maggiore in marmi policromi realizzato dallo scultore Giovanni Battista Franco, insignito da pregevoli statue raffiguranti la Madonna e i Santi Francesco d'Assisi e Antonio da Padova.
Da ammirare in occasione della visita alla chiesa, la scultura lignea addossata al quarto pilastro a sinistra della navata centrale, risalente al XVII secolo, che ogni anno, in occasione della Settimana Santa viene portata in processione per le strade di Alghero.
Da non perdere la visita alla sacrestia, arricchita da antichi arredi e simulacri lignei.