La chiesa di San Michele situata nel centro storico di Alghero con prospetto orientato su piazza Ginnasio, venne costruita tra il 1612 e il 1675 ad opera dei Gesuiti, e per volere del defunto decano Carrovira, il cui testamento indicava come eredi l’Ordine Religioso in questione, a condizione che tutti i suoi beni venissero impiegati per la costruzione di un collegio gestito dalla Compagnia del Gesù.
Edificata sulle fondamenta di un preesistente edificio religioso risalente al 1364, cui apparteneva anche l’area cimiteriale della città, la chiesa ripropone i modelli costruttivi tardomanieristi, visibili nella maggior parte delle costruzioni gesuitiche e che avevano come modello la chiesa del Gesù realizzata dal Vignola a Roma.
A seguito dello scioglimento della Compagnia di Gesù avvenuta nel 1774 su ordine di Papa Clemente XIV, la struttura religiosa venne abbandonata ed il collegio adibito a caserma.
Il prospetto principale presenta lungo la parte inferiore un alto zoccolo in conci squadrati di arenaria, mentre alla sommità svetta un timpano spezzato decorato da una cornice aggettante; il nucleo centrale della facciata accoglie tre ampie finestre rettangolari, ed il portale ligneo con architrave e bassorilievo in marmo raffigurante l'Annunciazione, sovrastato da un altorilievo rappresentante lo Spirito Santo.
L’interno della chiesa segue un impianto obliquo piuttosto che perpendicolare rispetto all'asse stradale, contraddistinto da una sola navata coperta da volta a botte, divisa da archi trasversali poggianti su colonne corinzie.
Lungo le pareti laterali si aprono sei cappelle, tre su ciascun lato, di cui citiamo quella dedicata alla Madonna della Freccia, impreziosita da un simulacro raffigurante la Vergine di Valverde; la cappella di Sant'Ignazio di Loyola, decorata da un dipinto raffigurante il Santo in estasi, sovrastante l'altare monumentale risalente al 1678; la cappella di San Francesco Saverio rappresentato in un dipinto con le mani al petto e la veste sbottonata, il tutto sovrastato dalla scritta "Satis, Domine, Satis", che significa "Basta, Signore, Basta", affiancato sulla sinistra dalla lapide marmorea policroma che ricorda Girolamo Ferret, benefattore della chiesa e del collegio; segue la cappella intitolata alla Madonna Immacolata, i cui episodi di vita più significativi sono illustrati all’interno di riquadri, coperta da una splendida volta a botte decorata da stucchi.
Pregevole anche l'altare maggiore decorato da un Crocifisso settecentesco, nonché la cantoria in legno policromo impreziosita dal monogramma IHS (Iesus, Hominum, Salvator), situata al di sopra della porta di ingresso.
Nel punto di intersezione della navata con il transetto si apre l’area presbiteriale quadrangolare sormontata da una meravigliosa cupola ottagonale impostata su un alto tamburo retto da pennacchi, divenuta simbolo indiscusso della città di Alghero per l'appariscenza e la bellezza delle maioliche colorate che ne rivestono la parte esterna, realizzate su disegno di Antoni Simon Mossa e Filippo Figari intorno alla metà del Novecento.