Il Museo Regionale di Messina fu istituito nel 1806 dalla Reale Accademia Peloritana su iniziativa di Carmelo La Farina, e allestito presso l’Archivio degli Atti Notarili di Via Rovere; l’esposizione comprendeva una raccolta di opere artistiche realizzate da artisti come Alojsio, Arenaprimo, Ciancialo, Grosso-Cacopardo e Carmisino, alla quale si aggiunse una raccolta di dipinti collocabili tra il XIV e il XVIII secolo appartenenti al Senato messinese.
Nel 1884 fu trasferito nelle sale di un edificio situato in Via Peculio Frumentario, e sei anni traslocato nei locali riadattati dell’ex-Monastero di San Gregorio, dove resterà fino al 1908.
Qui il museo acquisirà tramite legati ereditari, una ricca quantità di materiale comprendente mobili ed oggetti d’uso culturale, provenienti dal patrimonio ecclesiastico, nonché dipinti ad olio, e una collezione numismatica, ordinata in monete mamertine, greche e repubblicane romane collocabili tra il II e il I secolo.
A questi si aggiunsero vasi di maiolica a smalto con rilievi realizzati tra la fine del Quattrocento e gli inizi del Cinquecento, armi antiche, manoscritti, cinque codici latini, pergamene duecentesche e cinquecentesche, sarcofagi e sculture.
Purtroppo gran parte di questo materiale è andato distrutto durante il sisma del 1908, e ciò che è stato recuperato fu sistemato in una ex filanda Barbera-Mellinghoff, di origine tardo ottocentesca, riadattata a museo e aperta al pubblico nel 1922, .
Ma ben presto si rivelò inadatta ai moderni criteri di esposizione e custodia di opere d'arte, per cui negli anni Ottanta con un adeguato intervento strutturale, si è proceduto a dare al complesso un assetto più appropriato alle esigenze espositive.
In fondo al viale di ingresso si erge il gruppo scultoreo marmoreo con al centro la statua del Nettuno, realizzata nel 1557 dallo scultore Giovanni Angelo Montòrsoli.
Il vestibolo che precede l’ingresso al museo, è impreziosito da nove pannelli in rame dorato, lavorati a sbalzo, realizzati nel XIX dall'orafo Spina, e raffiguranti le diverse tappe del viaggio compiuto in Palestina dall'Ambasceria Messinese nell’anno ’42, che termina con la consegna della "Lettera" da parte della Santissima Vergine.
La prima sala del museo espone quadri, capitelli, mosaici e frammenti di legno, tra cui citiamo: la Madonna in Trono col Bambino nota come la Madonna della Ciambretta, inserita in una nicchia a mosaico su fondo; un altorilievo su latra di marmo raffigurante la Vergine Orante del XIII secolo; un mosaico rappresentante la testa di un Apostolo.
Peculiari anche le opere artistiche della seconda sala collocabili cronologicamente tra il XIV e il XV secolo, tra queste segnaliamo il Trittico della Madonna col Bambino tra Sant’Agata e San Bartolomeo, opera di Dittico Sterbini, e una scultura marmorea raffigurante la Madonna col Bambino, eseguita da Goro Di Gregorio nel XIV.
Nella terza sala si possono ammirare opere artistiche quattrocentesche tra cui un Crocifisso in legno intagliato e policromato, e una terracotta dipinta e invetriata raffigurante la Madonna col Bambino, realizzata dalla Bottega Robbiana nel XV secolo.
Segue la visita alla quarta sala anch’essa decorata da opere quattrocentesche, di cui segnaliamo: il noto Polittico di San Gregorio formato da cinque tavole, delle quali tre inserite nel livello inferiore raffiguranti al centro la Madonna col Bambino in grembo, e ai lati i Santi Gregorio e Benedetto, mentre le due tavole superiori rappresentano rispettivamente l'Angelo annunziante e l'Annunziata, opera del grande pittore Antonello da Messina; il dipinto della Deposizione dalla Croce di Colijn de Coter; la statua della Madonna col Bambino in marmo policromaro realizzata tra il 1430 e il 1502 dall’artista Francesco Laurana; e un dipinto raffigurante la Madonna col Bambino di Antonello De Saliba.
Il percorso espositivo continua nella quinta sala del museo impreziosita dalla tele di Girolamo Alibrandi tra cui la “Circoncisione” e “San Pietro”, e dalle sculture di Antonello Gagini, raffiguranti Santa Caterina d'Alessandria e la Madonna col Bambino.
Le opere artistiche esposte nella sesta sala sono: l’originale scultura marmorea raffigurante Scilla un tempo parte integrante della Fontana del Nettuno, scolpita nel 1557 dal Montòrsoli; la tela della Deposizione di Mariano Riccio; il dipinto dell’Adorazione dei Pastori di Polidoro Caldara da Caravaggio, mentre nel successivo ambiente espositivo corrispondente alla settima sala del museo, si possono ammirare opere in altorilievo su marmo raffiguranti rispettivamente l’”Adorazione dei Pastori” e la “Dama col Liocorno”, opere di Rinaldo Bonanno, la “Trinità” di Montòrsoli, e L’”Adorazione dei Pastori” eseguita da Deodato Guinaccia.
Delle opere esposte nell’ottava sala citiamo: il dipinto raffigurante la “Madonna dell'Itria”, eseguita nel 1590 da Alessandro Allori; la tela dello “Sposalizio di Santa Caterina” di Antonino Biondo; e il busto marmoreo dell'umanista Francesco Maurolico del XVI secolo.
Di seguito indicate le opere conservate nella nona sala del museo: il Monumento funebre in marmo bianco appartenete ai Marchesi-Barresi, opera di Rinaldo Bonanno, e su progetto di Andrea Calamech; il dipinto raffigurante la “Stigmatizzazione di San Francesco” di Filippo Paladini.
Peculiari i dipinti esposti nella decima sala due dei quali sono opera del grande maestro Michelangelo Merisi detto il Caravaggio, L’”Adorazione dei Pastori”e la “Resurrezione di Lazzaro” del 1609, commissionati l’uno dal Senato Messinese, e l’alto da Giovan Battista De Lazzari.
Tra le opere artistiche ivi custodite ricordiamo anche: l'Incredulità di San Tommaso di Alonzo Rodriguez; la tela raffigurante Muzio Scevola davanti a Porsenna, opera di Matheus Stomer; il dipinto del “Miracolo della Vedova di Naim” di Mario Minniti.
Segue la undicesima sala espositiva dove si possono ammirare opere artistiche seicentesche, nonché esemplari di argenteria, ricami e intaglio su marmo. Tra le opere pittoriche segnaliamo: la “Pietà” di
Antonino Barbalonga Alberti; la tela della “Natività della Vergine” opera di Giovan Battista Quagliata; il dipinto raffigurante Loth e le figlie di Domenico Maroli; i quadri di Mattia Preti raffiguranti la “Madonna della Lettera” e il “Cristo deposto”, e le sue sculture.
Nella dodicesima sala del museo sono esposte opere pittoriche settecentesche, tra i quali ricordiamo i due dipinti raffiguranti “Mosè salvato dalle acque”, e “l’Ester ed Assuero” di Giovanni Tuccari.
A questi si aggiunge la Carrozza del Senato di Messina, in legno intagliato collocabile tra il XVII e il XVIII secolo, opera di Domenico Biondo e Letterio Paladino.
L’ultima sala del Museo Regionale di Messina denominata "del Tesoro", si compone di tre ambienti, dove sono esposti manufatti in oro, argento, avorio, e paramenti sacri, presepi artistici, ceramiche e maioliche.