La chiesa di San Giovanni Evangelista situata nell’area del complesso catacombale di Siracusa fu costruita nel VI secolo sulle fondamenta della basilica paleocristiana di San Marziano, a sua volta realizzata al di sopra dell’omonima cripta dov’è custodita la tomba del Santo.

Il sito dove si erge il complesso monumentale conobbe una prima fase di insediamento già a partire dall’età greco-classica, con la realizzazione di una cava di pietra nota come latomia, cui prese posto un’officina di vasai, e in età tardo-romana un cimitero cristiano utilizzato almeno sino al 423.

La primitiva basilica presentava un impianto a tre navate separate da due colonnati formati ciascuno da sei colonne, con abside e altare centrale perfettamente in asse con la tomba di San Marziano; distrutto dai Saraceni, l’edificio religioso ritornò a splendere nel 1092 grazie agli interventi ristrutturativi dei normanni, ai quali si deve la costruzione del portale, sovrastato dal meraviglioso rosone, tutt’ora visibili lungo la facciata meridionale.

Seguì un lungo stato di abbandono che terminò nel 1636, anno in cui la basilica venne affidata ai Carmelitani di Montesanto, artefici della edificazione di una nuova chiesa orientata verso nord-sud.

Distrutta dal violento terremoto del 1693, la basilica a partire dal 1700 fu ricostruita impiegando l’antico impianto bizantino, normanno, e medioevale, e consacrata in onore di San Giovanni.

Al 1760 risalgono i lavori di realizzazione del portico antistante il prospetto principale, contraddistinto da archi ogivali e capitelli decorati, conseguito con l'utilizzazione di elementi quattrocenteschi.

L’edificio sacro presenta un impianto a croce greca con volta a crociera e archi a sesto acuto; ad ogni angolo del corpo centrale, inoltre, si ergono altrettante colonne sormontate da capitelli impreziositi dai simboli dei quattro Evangelisti.

Per descrivere in dettaglio l’architettura della chiesa, non possiamo non tener conto dell’impianto della cripta risalente al VI secolo che ricalca il modello delle cellae trichorae, ma con l'aggiunta di cavità laterali, in uno dei quali è collocato il sarcofago, contenete le reliquie di San Marziano; intorno a quest’ultimo fu poi aggiunto un corpo centrale di cui si conservano le basi di quattro colonne utili per sorreggere la copertura.

Al XII secolo risalgono i lavori di ricostruzione, in occasione dei quali si procedette alla demolizione del corpo centrale, in sostituzione del quale vennero realizzati pilastri in muratura.

Da ammirare lungo l’abside Nord un ipogeo con un affresco raffigurante "Le due Alessandre", in un atteggiamento di preghiera, collocabile intorno al V secolo.