I lavori di realizzazione della basilica dei Santi Giovanni e Paolo, situata sul colle Celio, iniziarono nel 398 per volere del senatore Bizante, e sul luogo di sepoltura dei martiri Giovanni e Paolo.
L’originaria chiesa venne dapprima danneggiata dai Visigoti di Alarico I durante il sacco di Roma , poi in parte distrutta da un terremoto nel 442, e infine saccheggiata dai Normanni nel 1084.
Sotto papa Pasquale II vennero eseguiti i lavori di restauro, durante i quali si procedette alla realizzazione del campanile e del portico, che sostituì l'originario nartece.
L’attuale aspetto risale al 1951, anno in cui il cardinale Francis Joseph Spellman promosse il ripristino della facciata paleocristiana.
Oggi la basilica accoglie la tomba di San Paolo della Croce.
Internamene è divisa in tre navate, separate da pilastri affiancate alle originali colonne.
L’attuale basilica è il risultato di diverse fasi di costruzione, delle quali la prima è in opus mixtum, mentre la seconda è in laterizio.
Da ammirare gli ambienti ipogei della basilica, scoperti nel 1887 da Padre Germano da San Stanislao, appartenenti ad almeno cinque edifici diversi datati tra il I e il IV secolo.
In un ambiente si trova un affresco del III secolo con Proserpina e altre divinità tra putti in barca.