L’originaria basilica di San Sebastiano fuori le mura risale al IV secolo, e fu realizzata sulle catacombe di san Sebastiano, un martire romano del III secolo, i cui resti furono spostati nel 350 e trasferiti a San Pietro in Vaticano.
La chiesa venne riedificata su commissione di papa Nicola I, e data in cura all’ordine dei cistercensi, al quale si deve la riconsacrazione dell’altare del martire.
La basilica che noi oggi tutti possiamo ammirare risale al XVII, e fu realizzata per volere del cardinale Scipione Borghese.
La sua edificazione fu poi però portata vanti da Flaminio Ponzio e da Giovanni Vasanzio.
All’interno della cappella delle reliquie è custodita la pietra con le impronte dei piedi di Gesù, una delle frecce che uccise san Sebastiano, e una parte della colonna alla quale fu legato durante il supplizio.