Alle catacombe di San Sebastiano si accede attraverso una scala, situata lungo la navata destra dell’omonima basilica, che conduce alle gallerie dove si trovano i diversi cubicoli.
Da ammirare le pitture del cubicolo di Giona risalenti alla fine del IV secolo dal quale si può accedere alla cripta di san Sebastiano, caratterizzata da un altare a mensa e da un busto di San Sebastiano del Bernini.
Proseguendo lungo questa direzione si giunge alla piazzola, sulla quale si aprono tre mausolei risalenti alla seconda metà del II secolo.
Il primo di questi è esternamente decorato con pitture, mentre all’interno presenta sulla volta la raffigurazione di una testa di gorgonie.
Il secondo mausoleo denominato “degli Innocentiores” ha la volta decorata da stucchi raffinati, e alcuni vani contraddistinti da iscrizioni greche, nonché un graffito con le iniziali delle parole greche significanti "Gesù Cristo figlio di Dio Salvatore".
Il terzo mausoleo è quello dell'Ascia, così chiamato per la raffigurazione di questo utensile nella parte esterna al quale è accompagnata anche la raffigurazione di tralci di vite nascenti da kantharoi posti su finti pilastri.
Da qui si può raggiungere un altro ambiente molto importante chiamato "Triclia", contraddistinto da una copertura a tettoia, dove venivano celebrati i banchetti funebri.
Le pareti di questo vano sono intonacate e incise da migliaia di graffiti lasciati dai devotie risalenti alla seconda metà del III secolo.
Segue un secondo ambiente che custodisce una raccolta di epigrafi e un plastico completo dei mausolei, della Triclia e della basilica costantiniana.
Da qui si scende nella Platonica, un edificio posteriore alla basilica, che fu il mausoleo del martire Quirino, vescovo di Scoscia in Pannonia; sul lato destro si può ammirare la cappella di Onorio III caratterizzata da pitture del XIII secolo.