Al di sotto della basilica di San Pietro e lungo tutta la lunghezza della navata centrale si aprono le Grotte Vaticane, una chiesa sotterranea che comprende o spazio tra l'attuale pavimento della basilica e quello dell’antica basilica costantiniana del IV secolo.
Gli ambienti coperti da volte a botte furono scavati per preparare le fondamenta dell'attuale basilica.
La pianta delle grotte vaticane è quella di una chiesa a tre navate con cappelle che ospitano le sepolture dei papi; mentre l' abside semicircolare ha come centro ideale la cappella di San Pietro. Oltre alle tombe dei pontefici, al suo interno sono custodite anche opere d'arte provenienti dall'antica basilica.
Le grotte a loro volta presentano nella parte sottostante una necropoli con antichi sepolcri cristiani e la zona sacra della tomba di San Pietro.
Tra le più antiche personalità sepolte nelle Grotte citiamo: papa tedesco Gregorio V, l'imperatore Ottone II e Adriano IV; papa Bonifacio VIII; papa Pio VI Braschi; Giacomo III Stuart e i suoi figli; la regina Cristina di Svezia; Giovanni Paolo II. Gli ultimi Papi sepolti: Benedetto XV , Pio XI e Pio XII , Paolo VI , Giovanni Paolo I e II.