La facciata del palazzo Cisterna è stata aggiunta verso la fine del '500 dai fratelli Carlo e Antonio, dall’arcivescovo di Pisa, dal conte di Ponderano, da Lodovico e Giacomo Dal Pozzo.
Quel che resta del Fabbricato medioevale è visibile sul fianco destro dell'edificio, decorato da cornici e fasce in cotto presente soprattutto negli archi a sesto acuto. La facciata presenta due piani di finestroni, con montanti a bugnato.
In corrispondenza del secondo piano vi sono i timpani da cui sporgono l'arma gentilizia e quattro busti di imperatori romani. Il terzo piano invece è a loggiato.
L’elemneto che rispecchia maggiormente i canoni del Rinascimento è il portale sovrastato da un balcone in pietra bianca.
Il corpo monumentale aggiunto comprende l'androne d'ingresso, due scale affrescate al piano terreno, un grande salone, una saletta al primo piano ed il loggiato al piano superiore.
Di particolare interesse artistico sono gli affreschi dell'androne, del soffitto del salone collocato al primo piano e quelli del grande salone, ove si conserva ancora un monumentale camino del XVII secolo.