Il complesso di ipogei di Siracusa risalenti al periodo tardo-antico, secondo per grandezza ed estensione dopo quello di Roma, sorge in un sito di fondamentale importanza per la conoscenza e la ricostruzione della storia urbanistica della città.
Utilizzate già a partire dal III secolo d.C., le aree cimiteriali siracusane furono precedute da necropoli risalenti alla prima e alla media età imperiale, distrutte durante la guerra tra Ottaviano e Sesto Pompeo, cui seguirono i lavori di ricostruzione della colonia su commissione di Augusto, seppur limitatamente alla sola Acradina.
La diffusione del Cristianesimo in Siracusa si deve con molta probabilità a San Paolo, ospite della città per tre giorni in occasione del suo viaggio verso Roma, anche se il primo documento che ne attesta la divulgazione è una lettera di San Cipriano a proposito dei lapsi, vale a dire coloro che abbandonavano la chiesa al momento delle persecuzioni, risalente al 250-251.
Secondo un'altra tesi le catacombe più antiche non appartenevano alle comunità cristiane, al contrario furono scavate ed utilizzate come sepolture dalla popolazione povera, tra queste il gruppo di tombe disposte secondo un arco interno a quello formato dalle Latomie, da nord-ovest a sud-est.
La visita alle Catacombe di Siracusa è necessaria se si vuole conoscere un altro frammento storico della città durante il periodo romano, comprendente la prima età imperiale, e il successivo tardo impero,
combinato con perfezione a quello greco.
Il viaggio tra gli antichi ipogei ha inizio dalle catacombe di Santa Lucia, strappata alla vita il 13 dicembre del 304, durante la persecuzione di Diocleziano, realizzate tra il 220-230 d.C., e sviluppate intorno alla tomba della santa di forma ottagonale (il cui corpo è ospitato nella chiesa di S. Geremia), costruita nel XVII secolo dall’architetto Giovanni Vermexio.
Il complesso comprende quattro settori contraddistinti da strette gallerie lungo le quali si aprono una serie di loculi sovrapposti, privi di pitture e iscrizioni.
Il settore A è il più antico per costruzione, seguito dal settore B situato più sud, dov’è custodita una sola tomba la cui iscrizione ci mostra il nome del defunto di origini romane, il cui nome è Castina.
Segue in direzione ovest il settore C costruito a partire dal 350, riadoperando i materiali provenienti da un acquedotto con cisterne di età classica, e da un sacello di età repubblicana; due gallerie orientate da nord a sud danno vita a dei pilastri entro cui furono ricavati dei loculi, nonché a dei lunghi corridoi con ambienti occupati da loculi di cui quello noto è il “Cubicolo del Buon Pastore», così chiamato per la presenza di un dipinto dall’omonimo soggetto raffigurato.
Il settore C comprende anche un sacello risalente al II secolo a. C., appartenente all'officina di un vasaio, ed utilizzato come luogo di culto dalla corporazione; splendide le pitture raffiguranti divinità e scene di lavoro.
Da non perdere ai due oratori bizantini, situati rispettivamente nei settori A e C, di cui il primo edificato all’interno di un’antica cisterna è decorato da dipinti, in particolare quelli della volta, raffiguranti i quaranta martiri di Sebaste.
L’ultimo settore del complesso catacombale di Santa Lucia identificato con la lettera D si pensa sia stato realizzato sulle fondamenta di un antico ipogeo pagano a incinerazione.
a nord-ovest della catacombe di Santa Luigi si sviluppa l’area cimiteriale di Santa Maria di Gesù
realizzata sulle fondamenta di un antico acquedotto, che ne costituisce la galleria principale, lungo le cui pareti si aprono una serie di loculi sovrapposti.
La seconda galleria che attraversa la principale venne realizzata dopo la pace costantiniana, ed accoglie i tipici arcosolii polisomi, alcuni dei quali ospitano anche trenta tombe.
Il complesso di ipogei più vasto di tutta la Sicilia è quello di Vigna Cassia, realizzato a partire dal III secolo a.C. nei pressi della Chiesa di Santa Maria di Gesù, dove preesisteva una vecchia area cimiteriale.
La denominazione Vigna Cassia deriva dal nome del proprietario della vigna sovrastante la catacomba utilizzata fino alla seconda metà del IV secolo.
L’ingresso alla catacomba è preceduto da un Antiquario dove sono esposti i materiali riportati alla luce in occasione degli scavi archeologici condotti nella zona.
Ad ovest si trova la regione A, formata da una lunga galleria lungo la quale si aprono molteplici arcosolii polisomi, tra cui citiamo l'arcosolio di Marcia, in fondo a destra, con lunetta decorata da un dipinto ambientato in un giardino dove sono raffiguranti il Cristo simbolo del Paradiso, tra i Santi Pietro e Paolo, mentre a sinistra Marcia è rappresentata inginocchiata, con le braccia tese.
Dalla regione B è possibile raggiungere il Cimitero maggiore, articolato intorno ad ambiente rettangolare, e tutt’intorno una serie di gallerie con file di loculi sovrapposti.
Peculiare il dipinto floreale che decora il Cubicolo delle Rose collocato nella regione F.

Il settore a nord-est è considerato il più monumentale per i dipinti che impreziosiscono le tombe appartenenti sicuramente alle famiglie più ricche e nobili di quel secolo.
Da non perdere la visita ad una piccola Latomia, situata tra la catacomba di Vigna Cassia e quella di Santa Lucia, occupata durante l’età classica da officine di vasai, e poi da ipogei tardo-antichi, di cui si conservano i resti di pitture risalenti alla fine del IV secolo, raffiguranti Giona, Daniele nella fossa dei leoni, l'ingresso di Gesù a Gerusalemme, la resurrezione di Lazzaro, e il Buon Pastore.
Il complesso cimiteriale esplorato in tutte le sue parti è quello di San Giovanni collocabile storicamente tra il 315 e il 360 d.C., e situato nei pressi della chiesa di S. Giovanni Evangelista.
L’impianto strutturale si articola intorno ad un asse principale ricavato da un acquedotto di età classica, dove confluiscono una serie di gallerie perpendicolari, lungo le cui pareti si aprono grandi arcosolii polisomi.
Dalle gallerie si accede a spazi più grandi di forma quadrata e circolare dove sono sepolti i corpi dei martiri, di cui quelli riportati alla luce recano i nomi di Éusebio, delle Sette Vergini, di Antiochia e di Adelfìa, sposa di Valerio Proculo, il cui sarcofago risalente al IV secolo è decorato da raffigurazioni dell'Antico e del Nuovo Testamento.
Da ammirare anche l’affresco dell’arcosolio lungo il corridoio principale, raffigurante la vergine Deodata, l’immagine del Cristo con la Vergine e i Santi Pietro e Paolo: a ciò si aggiungono le l'ingente quantità di iscrizioni funerarie in greco e latino restituite da questo complesso catacombale.