Nel luogo dove i Santi Fermo e Rustico subirono il martirio sorgeva un sacello risalente all’ VIII secolo, ampliato poi nell’XI secolo dai Frati Benedettini desiderosi di dare vita ad un più vasto tempio.
La struttura risulta essere la sovrapposizione di due chiese distinte: al primo progetto appartiene la chiesa inferiore, le due absidi e il campanile, mentre lo sviluppo definitivo è il frutto della presa di possesso del tempio da parte dei frati Minori nel 1313.
Sulla precedente struttura in stile romanico furono innalzate opere gotiche che si estendono lungo tutta la navata superiore, e che danno vita al complesso absidale.
La facciata presenta due logge, una trifora, un portale tipico dell'architettura romanica, risalente al XIV secolo, nonché ospita un altare sepolcrale trecentesco, contenente le spoglie di Aventino Fracastoro, medico degli Scaligeri.
Le absidi della chiesa sono decorate con cuspidi e pinnacoli movimentate da finestre molto alte e da una loggia del XV secolo.
Il campanile in cotto e tufo è caratterizzato da trifore ad arco tondo.
L'interno dell’edificio è ad una sola navata con soffitto ligneo trecentesco a carena plurima decorato con immagini di Santi.
Il pulpito con baldacchino gotico risalente al 1360 è delimitato da affreschi realizzate da Martino da Verona.
La chiesa inferiore, mentre, ha pianta a tre navate, di cui quella maggiore, intervallata da pilastri minori, è a volta duplice.