La chiesa di Santa Maria della Scala fu realizzata nel 1325 per ordine di Cangrande I della Scala e consacrata nel 1329.
Tra il 1341 e 1342 furono realizzati tre altari: l'altare del Volto Santo, di San Giorgio e di Santa Maria Maddalena, mentre tra il 1343 e 1345 venne costruito il campanile.
Al 1344 risale il completamento della cappella di San Giovanni Battista, mentre i lavori per la costruzione dell'abside terminarono in diversi periodi: quello di destra nel 1362, quello centrale nel 1391, e quello di sinistra nel 1416.
La costruzione del chiostro e del refettorio risale al periodo tra il 1341 e 1342, mentre quella del secondo concento iniziò nel 1352 a cui si aggiunse un secondo chiostro realizzatosi commissione del nuovo Priore.
Verso la metà del XVI secolo e nel XVII secolo vennero costruite una serie di cappelle, di cui rimangono solo le paraste.
Al XVIII secolo risalgono i lavori di rimaneggiamento della chiesa, che si conclusero con l’innalzamento del soffitto e la creazione di una serie di finestre, precedentemente chiuse per far posto alle cappelle.
Il bombardamento del 1945 distrusse il tetto della chiesa, lasciando integre le tre absidi, l'altare della Madonna delle Grazie e l'altare immediatamente di fronte.