L’aspetto attuale della cattedrale di San Flaviano si deve ai lavori di trasformazione e ampliamento eseguiti nel XVIII secolo.
Al 1600 risale l’inserimento della facciata nel nuovo Episcopio, realizzato in sostituzione di quello originale del 1300 che attualmente ospita la sede del Museo Diocesano di arte sacra. .
Da ammirare nel piccolo atrio della chiesa i sarcofaghi del Cardinale Angelo da Bevagna, del vescovo Nicolò delle Aste, e del Papa Gregorio XII.
Il soffitto a cassettoni è stato eseguito nel 1620 su commissione del cardinale Galamini.