La Chiesa di San Francesco risale al XIII secolo, ma deve il suo attuale aspetto ai lavori eseguiti nel 1742 ad opera dell'architetto Luigi Vanvitelli.
Dell’originale edificio religioso in stile gotico si conservano il campanile con la sottostante cappella, il nartece e una parte di un affresco raffigurante la crocifissione di Cristo, realizzata dai fratelli Salimbeni.
Oggi la chiesa accoglie le spoglie di Federico Barocci, Giovanni Santi, padre di Raffaello Sanzio, Magia Ciarla, madre di Raffaello Sanzio, Beato Pelingotto, Antonio da Montefeltro, il pittore Timoteo Viti, Federico Comandino, Bernardino Baldi, Antonio Galli, Marco Montano, e Muzio Oddi.
Da ammirare al suo interno un quadro situato sull’altare maggiore intitolato “il Perdono di Assisi”, opera di Federico Barocci.