La costruzione del mausoleo dei duchi che oggi ospita la chiesa di San Bernardino fu commissionata da Federico da Montefeltro, ma i lavori non terminarono alla sua morte avvenuta nel 1482, bensì nel 1491, per cui venne sepolto nella Chiesa di San Donato.
La tradizione vuole che l’edificio sia stato edificato da Donato Bramante, ma analizzandone gli elementi architettonici la paternità dell’opera si ritiene sia di Francesco di Giorgio Martini.
La chiesa è internamente ad una sola navata che si prolunga nel coro rettangolare coperto da una volta a botte.