Il castello di Manfredonia realizzato per volere di Manfredi di Sicilia deve il suo attuale aspetto a diversi interventi di ampliamento e rifacimento che si susseguirono negli anni.
Originariamente la fortezza aveva un impianto quadrilatero con una cinta muraria dotata di cinque torrioni a pianta quadrata, di cui solo una ha mantenuto l’antica conformazione.
Dal punto di vista architettonico, il castello presenta un’impronta marcatamente sveva, ma a livello documentario la sua costruzione è da attribuire a Carlo I d'Angio, ed è collocabile intorno al 1279. Naturalmente gli angioini eressero al fortezza sulle fondamenta di una precedente struttura commissionata da Manfredi.
Al XV secolo, risale la realizzazione di una nuova cortina muraria inglobante la struttura primitiva, voluta dagli Aragonesi, alle cui angolazioni furono collocati quattro torrioni cilindrici casamattati.
Dopo l’assedio del 1528 compiuto dal maresciallo Lautrec, il castello venne dotato di un grosso bastione posto ad ovest della struttura, al fine di difenderla dagli attaccati provenienti dalla città.
Nel corso del XVIII secolo, la fortezza venne adibita a caserma mentre il torrione ovest venne utilizzato come prigione.
Dal 1888 fino al 1901, la struttura appartenne all'Orfanotrofio Militare di Napoli, mentre nel 1968 venne donato dal Comune allo Stato con l'impegno di istituire al suo interno un Museo Archeologico.