Il tempio dedicato alla Santissima Trinità situato sulla sommità del Monte Sacro, a 5 km da Manfredonia, venne edificato verso la fine del V secolo per volere del Vescovo di Siponto, Lorenzo Maiorano, e sul sito dove già nel IV secolo d.C. vi era il famoso Sacello dedicato a Giove Dodoneo.
I resti dell'abbazia benedettina della Santissima Trinità realizzata dai frati benedettini, conobbe il suo massimo splendore nel XIII secolo, grazie alla costruzione di una biblioteca, voluta dall'Abate Gregorio.
Dell’originaria struttura romanico-pugliese, si conservano alcune parti delle mura perimetrali, il pronao, e i pilastri con capitelli.