Il convento di San Giovanni Rotondo dedicato a Santa Maria delle Grazie, venne edificato tra il 1538 e il 1540 su commissione del popolo e con il consenso dell'arcivescovo Giovanni Maria di Monte S. Sabino.
L’edificio religioso amministrato dai frati Minori Cappuccini, dopo una serie di vicissitudini cadde nelle mani di profittatori e malfattori, fino all’intervento dell’allora sindaco di San Giovanni Rotondo, che invitò alcuni Frati Cappuccini a riprendere il loro operato nel convento.
Il futuro del convento cambiò con l'arrivo, nel 1916 di un giovane frate sacerdote proveniente da Pietrelcina che si chiamava Padre Pio, e dove rimase fino alla morte.
All’interno del convento invitiamo a visitare, la sala "San Francesco", dove Padre Pio era solito accogliere e i fedeli in cerca di un aiuto spirituale e materiale, la cella dove il Santo ha pregato, sofferto, e terminato la sua vita. Da osservare: il tavolino sul quale sono sistemati dei guanti, delle calze bianche con macchie di sangue; una pezzuola della piaga del costato; una teca contenente delle croste delle stimmate; libri di lettura spirituale; un inginocchiatoio; un fazzoletto usato da Padre Pio per benedire i pellegrini dalla finestra; un comodino con una statuetta della Madonna, due sveglie, un orologio ed una piccola vita della Serva di Dio Genoveffa de Troia; una teca contenente le pantofole calzate fino all'ultima ora della sua vita; una poltroncina; un tavolino al di sopra del quale sono sistemati il cingolo e la corona del Rosario, una reliquia della Santa Croce, medaglie, confetti, una scatoletta, che serviva da tabacchiera; un lavabo; la poltroncina a braccioli; e la cattedra di sapienza divina e umana.
Accanto al convento si erge l’antica chiesa della Madonna delle Grazie, edificata tra il 1540 e il 1676, la cui facciata accoglie un prezioso portale con lunetta affrescata dalle immagini sacre della Madonna col Bambino, San Francesco e San Michele arcangelo, lateralmente affiancato da due lapidi che commemorano i cinquant'anni di sacerdozio di Padre Pio e i suoi altrettanti anni di permanenza a San Giovanni Rotondo.
All’interno della chiesa è possibile ammirare l'altare di san Francesco, sul quale il Santo da Pietrelcina ha celebrato la santa Messa dal 1945 al 1959, sovrastato dall’effige della Madonna delle Grazie, e il confessionale di Padre Pio.