Il castello di Lipari è situato nel centro storico dell’Isola siciliana, nel nucleo centrale di una baia sulla costa orientale, tra le insenature di Marina Lunga a Nord e Marina Corta a Sud, ed ha sempre rappresentato una fortezza sicura per difendersi dal pericolo di incursioni nemiche.
La rocca fu abitata già a partire dall’età neolitica, come testimoniano i ritrovamenti archeologici, riportati alla luce durante le campagne di scavo, giunti nella loro quasi interezza grazie all'accumulo delle ceneri emesse dai vulcani vicini.
Il castello deve in ogni caso, il suo attuale aspetto, ai continui interventi di arifacimento eseguiti nei secoli; al 1560 risale la costruzione delle possenti fortificazioni spagnole, volute da Carlo V, dopo l'attacco all'isola da parte del pirata tunisino, Kairedin Barbarossa, che nel 1544 conquistò e conseguentemente distrusse la città.
Le mura spagnole provviste da postazioni di artiglieria e cannoniere, hanno inglobato sul lato nord, le torri di età normanna risalenti al XII secolo, tra cui la porta d’ingresso al Castello per coloro che provenivano dalla collina della Civita, attuale piazza Mazzini, nonché una torre di età greca del IV secolo a.C. realizzata con blocchi di pietra rossastra.
La strada di ingresso alla fortezza si apre sotto un corridoio con volta a botte, contraddistinta da una caditoia per la saracinesca di ferro, anticamente abbassata all’occorrenza per sbarrare il passaggio, quasi sicuramente seguita da una seconda porta d’ingresso chiusa da una stanga di legno.
L’itinerario prosegue all'aperto, tra resti di un muro spagnolo con feritoie, e un passaggio con soffitto ad arcate ogivali fino a giungere al pianoro della rocca attraverso la porta spagnola del XV secolo,decorata dal dipinto di uno stemma raffigurante un'aquila, simbolo della famiglia dei Borboni.
L'estremità meridionale del castello è stata trasformata in un parco archeologico, dove si possono ammirare oltre ai resti della chiesa dedicata alla Madonna delle Grazie, anche alcuni padiglioni del campo di concentramento che ospitano i depositi del Museo ed i laboratori di restauro.