Il tempio D, dedicato ad Atena, ha una struttura di tipo periptero esastilo, con cella impreziosita dal vano comunemente noto come adito, e pronao.
Ad dell’edificio sono stati riportati alla luce i resti di un tempietto in antis, risalente all’epoca arcaica.
Sul sito dove sorgono i resti del tempio di Atena sono stati rinvenuti anche un megaron arcaico, e quelli del tempio Y, dal quale provengano con certezza, le sei metope raffiguranti Artemide, Latona, Apollo, la Sfinge alata, il ratto di Europa, Eracle in lotta col toro, Demetra e Kore, una quadriga.