Il tempio di Empedocle noto anche come tempio B ha una struttura di tipo prostilo tetrastilo, con quattro colonne ioniche e trabeazione dorica, preceduto da un altare di forma quadrata.
L’edificio presenta internamente un pronao ed una cella, che conserva tutt’ora il basamento della statua di culto, decorato da uno strato di stucco e tracce di una policromia.