La Chiesa della Madonna dell'Orto fu realizzata dalla congregazione degli Umiliati verso la metà del XIV secolo e dedicata a Dio, alla Beata Vergine e a San Cristoforo.
Il nome attuale deriva dalla collocazione all’interno dell’edificio religioso di una statua della Vergine, ritenuta miracolosa, e scolpita da Giovanni De Santi.
Al 1399 risalgono i lavori di rifacimento della chiesa, mentre al 1462 la soppressione degli Umiliati e il conseguente possesso da parte della pia congregazione dei Canonici secolari di S. Giorgio.
Nel 1669 il convento passò alla Congregazione dei Monaci Cistercensi che la custodirono fino al 1787, anno in cui la chiesa divenne di pubblica amministrazione.
Dal 1931, la parrocchia è affidata ai padri della Congregazione di San Giuseppe di San Leonardo Murialdo.
La facciata a salienti è in mattoni, tripartita da due lesene con portale sormontato da un arco acuto con decorazioni scultoree in pietra bianca al cui interno si trova un timpano in porfido a tutto sesto sorretto da lesene semicircolari, il tutto decorato da un protiro formato da due colonne corinzie.
Esternamente, ai lati vi sono due finestre quadrifore in stile gotico fiorito, mentre nella parte centrale vi sono due rosoni.
La chiesa, internamente, è ad impianto basilicale divisa in tre navate con archi acuti a doppia cornice, sorretti da colonne in marmo greco.
La pianta della struttura è rettangolare e priva di transetto, terminante con il presbiterio caratterizzato da un’abside pentagonale.
La basilica è nota perché custodisce tra le sue mura le dieci tele di Jacopo Tintoretto le cui spoglie ora riposano nella cappella absidale della navata sinistra.
Lungo il lato sinistro sono state costruite quattro cappelle funerari di alcune importanti famiglie: la cappella Valier, dove si trova la Madonna col Bambino di Giovanni Bellini; la cappella Vendramin e la cappella Morosini, entrambe in stile gotico, e per finire la cappella Contarini, dove sono conservati i busti funerari di sei membri di questa famiglia.
Lungo il lato destro, mentre sono ospitati gli altari laterali e un monumento funerario di Girolamo Cavazza realizzato nel 1657 da Giuseppe Sardi.
L'ingresso della chiesa è sovrastato da un organo ligneo di Pietro Bazzani risalente al 1878.
Esternamente, sul lato destro della basilica si erge il campanile risalente al periodo compreso tra il XV e il XVI secolo.
La torre campanaria in mattoni e a pianta quadrata è segnato lateralmente da due lesene che conducono alla cella campanaria caratterizzata da trifore a tutto sesto, e separata dal tamburo cilindrico della cupola da quattro timpani curvilinei.