La cattedrale di San Giuseppe venne edificata nel XIII secolo su commissione del conte Rolando Palatino ed intitolata a Santa Margherita, di cui si conservano il portale in pietra ed il rosone trecenteschi.
Incendiata dai Turchi nel 1566, la cattedrale venne distrutta ad eccezione della facciata con il rosone, ma ben presto ricostruita per volere di Frate Angelo.
Nel XVII secolo la chiesa venne annessa al convento agostiniano, per cui venne intitolata a Sant'Agostino, ma a seguito della soppressione degli Ordini, nel 1808 le venne conferita la dedica a San Giuseppe.
Nel 1893 venne totalmente ricostruita a croce latina in stile neogotico su progetto di F. Benedetti, mentre nel 1923 venne decorata dal pittore Achille Carnevali, ad eccezione della cappella dedicata al Sacro Cuore opera della Ditta Canci.
La cattedrale conserva al suo interno diverse opere artistiche: il dipinto intitolato Santa Maria della Misericordia risalente al XVI secolo di Cola Bevilacqua; la tavola del Battesimo di Sant'Agostino collocabile intorno al XVI secolo; due sculture raffiguranti Sant'Agostino e Santa Monica del XVII secolo; e l’effigie di San Giuseppe collocabile intorno al XVII secolo.