La chiesa di Santa Chiara in stile gotico italiano fu realizzata tra il 1257 ed il 1265 attraverso l’uso della tipica pietra rosa estratta dalle cave del Monte Subasio.
Internamente, è presente una sola navata terminante con transetto e abside poligonale, lungo la quale si aprono una serie di cappelle la prima delle quali ospita il Crocifisso che la tradizione vuole sia appartenuto a San Francesco.
Da ammirare la cripta dove sono custodite le reliquie di Santa Chiara e alcuni suoi beni terreni, come un saio di San Francesco ed una sua veste, nonché i preziosi affreschi risalenti al periodo che va dal XII al XIV secolo.